建院十周年时，根据教育部的专业调整要求，对学院的系部及专业进行了重新设计。学院设有烟草科学系、食品科学与工程系、机电工程系、计算机科学与技术系、会计学系、工商管理系、基础部、社会科学部及成人教育学院，10个本科专业，3个专科专业，即本科专业有农学、生物工程、食品科学与工程、化学工程与工艺、机械设计制造及其自动化、自动化、计算机科学与技术、工商管理、人力资源管理、会计学；专科专业有烟草种植、农产品储运与加工、市场营销。在校生2700人，教职工535人，其中正、副教授100人。建有11个综合实验室和信息中心、电教中心、计算中心、测试中心，以及与国际互联网联通的校园网络和运用现代化电子计算机管理的图书馆。配备有国内外较先进的仪器设备。学院建筑面积约12万平方米，占地360亩。十年来，为烟草行业和地方经济建设培养、培训了近9000名高级专门人才，其中，相当一部分校友已经成为烟草行业和地方经济建设的管理骨干和技术骨干；研究和开发了一批有价值的科技成果，为烟草行业和地方经济建设发挥了重要作用。十年校庆时，学院根据教育部和国家烟草专卖局的要求，按照"加强基础，提高技能，立足行业，办出特色，面向社会"的办学方针，深化改革，加快发展，力争在较短时间内，把学院办成具有鲜明行业特色和较强生存、发展为全国烟草行业高级人才培养基地、高层次人才继续教育基地和科学研究基地。
1999年下半年，随着中国高等教育管理体制改革的深入，国家烟草专卖局和中国科学院签订协议，报请教育部批准，于1999年12月18日将合肥经济技术学院并入中国科学技术大学，成为中国科学技术大学的二级学院，名称为“经济技术学院”，并成立了烟草与健康研究中心。该学院系科和专业目前正在调整之中。